La organización de IDEEN se encuentra conformada por los siguientes entes:

1. La Junta de Dirección es la máxima autoridad del IDEEN, y está integrada por los miembros que han sido designados por el consejo de la Sociedad Civil que funda la institución.
2. Consejo académico, formado por el Director Escolar y los profesores de cátedra de la institución.
3. Dirección Escolar. Es la persona responsable de planear, dirigir, vigilar y reportar resultados de la gestión académica ante las autoridades educativas y ante la Junta de Dirección.
4. Personal de control escolar, de promoción institucional, de atención estudiantil y administrativos formado por todas aquellas personas que desempeñan una función de apoyo a las funciones académicas, de control escolar, de promoción institucional y de dirección escolar.
   Artículo 10. Junta de dirección: La Junta de Dirección tiene la función de determinar el rumbo estratégico de la institución, así como la conformación de su estructura y aseguramiento de que los principios fundacionales se transforman en cultura al interior de la institución educativa. Son facultades de la Junta de Dirección:
   a. Designar a su propio presidente.
   b. Nombrar y remover al Director Escolar
   c. En su carácter de órgano supremo, la Junta de Dirección está dotada de todas las facultades para la mejor organización, planeación y ejecución de las actividades académicas y administrativas de la Institución.
   d. Acordar lo concerniente a la administración y disposición del patrimonio de la institución de acuerdo con los planes que se formulen.
   e. Conocer y resolver de los asuntos trascendentales de la institución, señalando las orientaciones definitivas que se precisen para su adecuada solución.
   f. Suscribir los convenios que inciden en el funcionamiento institucional.
   g. Supervisar que se cumple con la normatividad educativa.

La Dirección Escolar. Supervisará el desempeño de la institución, el cumplimiento con la normatividad educativa, así como también las labores administrativas, de otorgamiento de becas y pagos, de mantenimiento de las instalaciones y la tarea de Promoción Institucional. Son sus funciones específicas:

a. Proponer para su aprobación el plan de operación académico de 5 años el cual debe estar alineado al plan institucional dictado por la Junta de Dirección.
b. Proponer para su aprobación el plan de operación académico anual.
c. Vigilar el desempeño semanal (13 semanas) del plan de operación académico
d. Conducir el plan de promoción de IDEEN conforme al presupuesto aprobado.
e. Proponer programas académicos para su aprobación por la Junta de Dirección.
f. Ejercer el presupuesto para el logro del plan operativo académico.
g. Representar a IDEEN ante las autoridades y en los eventos académicos correspondientes.
h. Impulsar alianzas con otras instituciones, empresas y personas que estén en sintonía con los objetivos de IDEEN.
i. Entrevistar y seleccionar al personal académico y administrativo de la institución, vigilando el cumplimiento de los requisitos establecidos.
j. Validar y aprobar las solicitudes de admisión de alumnos siempre que cumplan con los requisitos de admisión.
k. Supervisar al personal a su cargo: la coordinación de control escolar, la coordinación de promoción institucional, el personal de atención a estudiantes y profesores, al profesorado y al personal administrativo.
l. Mantener un ambiente de armonía y cordialidad en la comunidad estudiantil y académica.
m. Proponer los candidatos a becario ante la Junta de Dirección.
n. Conducir la interacción con las autoridades educativas para asegurar el correcto cumplimiento de la normatividad educativa, así como la actualización de los planes y programas de estudio aprobados por la Junta Directiva y que deban ser debidamente autorizados por las autoridades educativas.

El Consejo Académico estará formado por el Director Escolar y los profesores de cátedra de la institución. Entre sus facultades se encuentran las siguientes:

a. Medir y proponer ajustes a la metodología de enseñanza de acuerdo con el proceso de seguimiento y control de las evaluaciones del proceso de aprendizaje para cada materia o grupo de materias.
b. Proponer ajustes al mapa curricular para ajustarlo a las necesidades reales del entorno y en ese mismo sentido conducir la interpretación, aplicación y evaluación de los planes y programas de estudios
c. Aprobar los programas de servicio social
d. Aprobar los convenios para prácticas profesionales
e. Formar parte del comité de titulación
f. Proponer personal docente para su incorporación como profesores del plantel cuidando en todo momento la integración de profesores con valores afines a la institución.

Coordinación de Control Escolar. Está a cargo de los procedimientos de integración, seguimiento, supervisión y reporte a la Secretaría de Educación y Bienestar Social de información relacionada con asistencias, calificaciones, estatus de los alumnos, programación de cargas de materias a profesores de acuerdo con su disponibilidad de horario; control de asistencia de profesores; control de altas y bajas de alumnos. Como herramienta tendrá el sistema electrónico de seguimiento de la información que será definido por la Junta de Dirección, ya que a través de sus reportes será posible para las autoridades y máximo órgano de gobierno de IDEEN dar seguimiento al avance de la institución. El seguimiento de las funciones de esta coordinación será realizado por la Dirección Escolar.
Artículo 14. Coordinación de promoción institucional. Está a cargo de la vinculación del instituto con la comunidad local, regional, nacional e internacional, y debe dar a conocer los fundamentos institucionales de IDEEN, sus logros, sus méritos y su filosofía, de tal manera que éste conocimiento compartido facilite la integración de alianzas, esquemas de colaboración, intercambio académico, la atracción de recursos humanos, materiales y económicos para el logro exitoso de la misión de IDEEN.
Esta coordinación de promoción institucional, también será responsable de la agenda de actividades culturales de la institución, de hacerla del conocimiento de la comunidad académica y de coordinarse con la Sociedad de Alumnos para la integración de las actividades de las Organizaciones Estudiantiles. Toda la comunicación escrita, digital y verbal será supervisada directamente por la Dirección Escolar y la Junta de Dirección. El seguimiento de las funciones de esta coordinación será realizado por la Dirección Escolar.

Personal de atención a estudiantes y profesores. Es el personal cien por ciento dedicado a la atención de alumnos, profesores y personal administrativo de IDEEN. Estarán a cargo de recibir y conducir a sus respectivas aulas o salas a la comunidad de IDEEN conforme a sus horarios y asignaciones. Ellos abrirán y cerrarán las instalaciones de IDEEN diariamente. Contestarán las preguntas e inquietudes de la comunidad estudiantil y de profesores y canalizarán a los estudiantes y profesores a los responsables correspondientes cuando surjan situaciones que requieran mayor profundidad en las explicaciones.